Το ΠΜΣ λειτουργεί αυτή τη χρονική περίοδο με τα όργανα που προβλέπει ο Ν. 3685/2008. Σε επίπεδο Τμήματος, τα όργανα διοίκησης του ΠΜΣ είναι:

Η Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης (ΓΣΕΣ)
Η ΓΣΕΣ απαρτίζεται από τον Πρόεδρο του Τμήματος, τα μέλη ΔΕΠ της Γενικής Συνέλευσης του Τμήματος και εκπροσώπους των μεταπτυχιακών φοιτητών του Τμήματος. Η ΓΣΕΣ είναι αρμόδια για την κατάρτιση και εισήγηση προτάσεων για ΠΜΣ, την έγκριση του Προϋπολογισμού, τον ορισμό των μελών των συμβουλευτικών επιτροπών, των μελών των εξεταστικών επιτροπών, την απονομή μεταπτυχιακών διπλωμάτων, τη συγκρότηση των επιτροπών επιλογής ή εξέτασης των υποψηφίων μεταπτυχιακών φοιτητών, καθώς και κάθε άλλο θέμα, που προβλέπεται από επί μέρους διατάξεις. Η ΓΣΕΣ εκλέγει (σύµφωνα µε το άρθρο 6 του Ν. 2454/1997) το Διευθυντή και τη Συντονιστική Επιτροπή του ΠΜΣ.

Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) του ΠΜΣ
Η ΣΕ του ΠΜΣ απαρτίζεται από πέντε τουλάχιστον μέλη ΔΕΠ του Τμήματος από αυτά που έχουν αναλάβει μεταπτυχιακό έργο ή επίβλεψη διδακτορικών διατριβών και τα οποία ορίζονται από τη ΓΣΕΣ. Στη ΣΕ µπορεί να συµµετέχει ένας εκπρόσωπος των µεταπτυχιακών φοιτητών χωρίς δικαίωµα ψήφου. Η ΣΕ έχει διετή θητεία με δυνατότητα ανανέωσης και είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και συντονισμό λειτουργίας του ΠΜΣ. Της ΣΕ προεδρεύει ο Διευθυντής του ΠΜΣ «Εφαρμοσμένη Στατιστική».

Ο Διευθυντής του ΠΜΣ
Ο Διευθυντής για κάθε ΠΜΣ προεδρεύει της ΣΕ, ορίζεται με απόφαση της ΓΣΕΣ του Τμήματος ή στην περίπτωση διατμηματικού ΠΜΣ, της ΕΔΕ., για διετή θητεία με δυνατότητα ανανέωσης και μπορεί να ασκεί τα καθήκοντά του με μερική απαλλαγή από τις διδακτικές του υποχρεώσεις.

Η σύνθεση της ΣΕ για τη διετία Σεπτέμβριος 2013 – Αύγουστος 2015 είναι η εξής:

Διευθυντής του ΠΜΣ και Πρόεδρος της ΣΕ
Αναπληρωτής Καθηγητής Δημήτριος Αντζουλάκος

Μέλη της Σ.Ε.
Καθηγητής Μάρκος Κούτρας
Καθηγητής Κλέων Τσίμπος
Αναπληρωτής Καθηγητής Γεώργιος Ηλιόπουλος
Αναπληρωτής Καθηγητής Κωνσταντίνος Πολίτης
Επίκουρος Καθηγητής Χαράλαμπος Ευαγγελάρας
Επίκουρος Καθηγητής Μιχαήλ Μπούτσικας